El Colegio San Luis Beltrán (CSLB) fue fundado en 1994 por la Fundación Educacional Pudahuel.
El CSLB tiene sus raíces en la Misión General de la Iglesia Católica. A partir de ella, en el año 1992, un grupo de personas vinculadas a las Comunidades de Vida Cristiana (CVX), se organizaron para formar un colegio y responder a la urgente necesidad de entregar una buena educación a niños y niñas de un sector muy necesitado de la comuna de Pudahuel. Para ello constituyen la Fundación Educacional Pudahuel, la cual será la sostenedora del Colegio. De esta forma, y con la activa participación de la Parroquia San Luis Beltrán de Pudahuel, nace el Colegio San Luis Beltrán, un centro educativo inspirado en la espiritualidad y pedagogía de San Ignacio de Loyola.
En octubre de 1993, en recintos de la cercana Capilla San Francisco, se comienza a dar clases con 2 cursos, y en marzo de 1994 el Colegio abre sus puertas en su actual ubicación, con alumnos y alumnas de 1° Básico.
En un principio, el Colegio fue concebido como un establecimiento educacional mixto que entregaría educación hasta 8° Básico, con un curso por nivel, pero la voluntad y el trabajo de sus impulsores y gestores fue más allá, proyectando una Educación Media Técnico Profesional, con especialidad en Telecomunicaciones. Asimismo, para responder a la necesidad de instrucción escolar de muchas familias apoderadas del Colegio, se decidió abrir la educación para adultos, con cursos en modalidad de educación vespertina.
En el 2011, tras un proceso paulatino para aumentar un segundo curso por nivel, egresó la octava generación de IV Medio Técnico Profesional, junto a la primera generación de IV Medio Científico-Humanista. De esta forma, quedó conformado el CSLB de Prekínder a IV Medio y Polivalente (Científico-Humanista y Técnico Profesional).
El mismo año 2011, se incorpora al Colegio el Programa de Integración Escolar (PIE) del Ministerio de Educación, para abrir las puertas y apoyar con profesionales específicos (educadores(as) diferenciales, psicopedagogos(as), psicólogos(as), asistentes sociales, fonoaudiólogos(as), terapeutas ocupacionales, entre otros, a alumnos y alumnas con necesidades educativas especiales.